İstanbul doğumlu Zeynep Atakan, Marmara Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi Sinema-Televizyon Bölümü’nden mezun olmuştur. 1986-1999 yılları arasında reklam sektöründe çalışmış, yapımcılıkta uzmanlaşmıştır. 1994’ten itibaren kurucu ortağı olduğu şirkette çalışmalarını sürdürmüş, 1999 yılında film endüstrisine geçerek uluslararası projeler üretmeye başlamıştır.

2007’de yalnızca sinema projeleri için Zeynofilm’i kurmuştur. 2010’da Avrupa Film Akademisi tarafından “Eurimages Yılın Yapımcısı” seçilmiş, aynı yıl YAPIMLAB Atölyeleri’ni başlatmıştır. Avrupa Görsel İşitsel Kadın Ağı’nın başkan yardımcılığını yürütmektedir.

2014’te Uçan Süpürge Bilge Olgaç Başarı Ödülü’nü almış, yapımcılığını üstlendiği Kış Uykusu Cannes Film Festivali’nde Palme d’Or kazanmıştır. Aynı yıl Antalya Film Forum’u hayata geçirmiş, 2018’e kadar direktörlüğünü yapmıştır.

Avrupa Film Akademisi’nin “Genç İzleyici Ödülü” projesinin Türkiye ayağını organize etmektedir. Ayrıca Sabancı Vakfı Kısa Film Platformu’nun sanat yönetmenidir. Oscar Akademisi, Avrupa Film Akademisi ve Asya Film Akademisi üyesidir.