Gazeteciliğe 1985 yılında Nokta dergisinde başladı. Sırasıyla Tempo, Cumhuriyet, Milliyet, CNN Türk, Vatan, NTV'de çalıştı. TESEV'de Demokrasi, Sivil Toplum ve İslam Dünyası Programı'nı yönetti. Açık Toplum Vakfı Danışma Kurulu’nda görev yaptı. Sosyolog Şerif Mardin'le 2007 yılında yaptığı bir röportajda Mardin'in ortaya attığı "Mahalle baskısı" kavramı medyada uzun süre tartışma konusu oldu. 2002 yılının Aralık ayından 11 Ekim 2014 tarihinde kadar Vatan gazetesinde gazeteciliğe devam etti. Ardından Habertürk gazetesine geçti ve bu gazetede köşe yazıları yazdı. Habertürk'teki işine 2016 yılında son verildi. Ruşen Çakır, 20 Ağustos 2015’te yayına başlayan medyascope.tv’nin kurucu yayın yönetmeni ve yazarı olarak gazetecilik faaliyetlerine devam etmektedir.