Çarkoğlu, Koç Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde öğretim üyesidir. Doktora tezini State University of New York-Binghamton’da Mayıs 1994’te savunmuştur. Daha önce Boğaziçi Üniversitesi (1994-2002) ve Sabancı Üniversitesi’nde (2002-2010) öğretim üyesi olarak çalışmıştır. 2013 yılında Bilim Akademisi’ne seçilmiştir. Araştırma alanları davranışsal siyaset bilimi soruları üzerine yoğunlaşmış ve oy verme davranışı, kamuoyu tercihleri ve siyasi partiler üzerine değişik sorulara cevap aramıştır.