1996 yılında Eczacıbaşı Holding Yönetim Kurulu Başkan Yardımcılığı’nı üstlenen Faruk Eczacıbaşı, halen bu görevi sürdürmektedir. Ayrıca, 1999 yılından bu yana Eczacıbaşı Spor Kulübü Başkanlığı görevini yürütmektedir.