Genç yaşlarda sporla ilgilenmeye başlayan Güneş, çocukluk yıllarında basketbola ağırlık verdiyse de futbolu tercih ederek 17 yaşındayken Trabzonspor’un altyapısında oynamaya başladı. 1987 yılında hem Trabzonspor’dan hem de Milli Takım’dan ayrılan Güneş, emekli olmasının ardından teknik direktör olarak çalışmaya başladı. Uzun yıllar farklı takımların teknik direktörlüğünü yaptıktan sonra, 16 Ağustos 2000 tarihinde Türkiye A Milli Futbol Takımı’nın başına getirilen Güneş, Milli Takım’ı 48 yıllık uzun bir aradan sonra Dünya Kupası’na sokmayı başardı. 2002 FIFA Dünya Kupası'nda bronz madalya kazandırarak Türkiye'ye tarihindeki en büyük başarıyı yaşattı. 2003 Konfederasyonlar Kupası'nda da aynı başarıyı tekrarladı.