Kamu görevine Devlet Planlama Teşkilatında 1986 yılında başladı. Mayıs 1994 - Aralık 2000 tarihleri arasında Devlet Planlama Teşkilatında Konjonktür Dairesi Başkanlığı görevini yürüttü. Aralık 2000'de atandığı Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurumu'nda Ekonomik Değerlendirmeler Dairesi Başkanı ve Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurulu İkinci Başkanı olarak görev yaptı..

2003-2014 yılları arasında Hazine Müsteşarı olarak görev yapan Çanakçı, Dünya Bankası ve diğer çok taraflı kalkınma bankalarında Türkiye’yi Guvernör olarak temsil etti. İslam Kalkınma Bankası ve yan kuruluşlarının Yönetim Kurullarında İcra Direktörü görevinde bulundu. 2014-2016 Yıllarında Washington’da Türkiye ve yedi Doğu ve Orta Avrupa Ülkesini temsilen Uluslararası Para Fonu İcra Direktörleri Kurulu’nda İcra Direktörü olarak görev yaptı. 2017-2019 yıllarında Cidde’de İslam Kalkınma Bankasında “Başkan Özel Danışmanı” olarak çalıştı.