İstanbul Bilgi Üniversitesi, Uluslararası İlişkiler ve Siyaset Bilimi Bölümü öğretim üyesidir. Aynı Üniversite’de Avrupa Birliği Enstitüsü Müdürü olan Kaya, 2011 yılı itibariyle Avrupa Birliği Komisyonu tarafından Jean Monnet Profesörü olarak ödüllendirilmiştir. Kaya, 2003 yılı Sosyal Bilimler Derneği Araştırma ödülü ile 2005 yılı Türkiye Bilimler Akademisi ödülüne layık görülmüştür. Kaya, 2012 yılında Bilim Akademisi üyeliğine seçilmiştir. 2024 yılında British Royal Academy üyesi seçilmiştir.